Dánskému klubu pomohl Agger v roce 2005 vybojovat domácí double, pak ho za šest milionů liber koupil Liverpool. S anglickým klubem získal Anglický a Ligový pohár, Superpohár a postoupil do finále Ligy mistrů v roce 2007.
"Naskytla se šance vrátit se domů do Bröndby a v téhle fázi kariéry to považuji za správné rozhodnutí. Nikam jinam bych nepřestoupil," uvedl Agger, dvojnásobný nejlepší fotbalista Dánska, který od trenéra Brendana Rodgerse nedostával tolik příležitostí jako v minulosti.