Sobotní trénink potvrdil rozložení sil ve startovním poli, přesto nebyl Sebastian Vettel nejlepší. Problémy s KERSem jej přibrzdily natolik, že zajel až devátý čas. Volný prostor na čele dokonale vyplnil Mark Webber. Dalším havarujícím jezdcem v Suzuce se stal Adrian Sutil.
Když nemůže Sebastian Vettel, tak je tu připravený Mark Webber. Síla týmu Red Bull ne nepřehlédnutelná. Australan dokonale zastoupil úřadujícího mistra světa, jehož potíže s baterií systému KERS odsunuly až na devátou pozici výsledkové listiny, protože se vůbec nedostal na trať na měkčí směsi pneumatik.
Mechanici Red Bullu museli Vettelův monopost odstavit do hloubi garáže, kde v průběhu posledních deseti minut závěrečného volného tréninku zahájili výměnu nefunkční baterie. Němec byl ale naprosto klidný. Již převlečený do civilního oblečení sledoval, jak jeho týmový kolega zajel nejlepší čas 1:32,053 min. O rychlost svého monopostu se před kvalifikací obávat nemusí.
Nejúspěšnějšími pronásledovateli Red Bullu se opět stali jezdci Mercedesu, za nimi se pak s větším odstupem umístil čtvrtý Romain Grosjean (Lotus). Francouz se hned třikrát během hodinového tréninku dostal mimo trať. Podle Rosse Brawna, šéfa týmu Mercedes, je na vině velkého množství jezdeckých chyb silný vítr, který se ve srovnání s pátečním programem v sobotu dopoledne otočil o 180°, ale neztratil nic na své síle.
Zlepšení zaznamenala stáj Ferrari, zejména Fernando Alonso, stále to ale stačilo jen na pátou (Alonso) resp. šestou (Massa) pozici s odstupem přes sedm desetin sekundy. Přetáčivá Ferrari byla i na měkké směsi pomalejší jak Webberův Red Bull na směsi tvrdé.
Další obětí náročného japonského okruhu se stal Adrian Sutil (Force India), který ještě na tvrdé směsi ztratil v zatáčce Spoon kontrolu nad zadní nápravou a skončil po čelním nárazu v bariéře.
Třetí volný trénink
| pořadí | číslo | jezdec | vůz | čas | ztráta | kol | |
| 1 | 2 | Mark Webber | Red Bull-Renault RB9 | 1:32.053 | 0 | 0 | 17 |
| 2 | 10 | Lewis Hamilton | Mercedes F1 W04 | 1:32.187 | +0:00.134 | +0:00.134 | 18 |
| 3 | 9 | Nico Rosberg | Mercedes F1 W04 | 1:32.355 | +0:00.302 | +0:00.168 | 18 |
| 4 | 8 | Romain Grosjean | Lotus-Renault E21 | 1:32.707 | +0:00.654 | +0:00.352 | 26 |
| 5 | 3 | Fernando Alonso | Ferrari F138 | 1:32.800 | +0:00.747 | +0:00.093 | 14 |
| 6 | 4 | Felipe Massa | Ferrari F138 | 1:32.815 | +0:00.762 | +0:00.015 | 14 |
| 7 | 5 | Jenson Button | McLaren-Mercedes MP4-28 | 1:32.869 | +0:00.816 | +0:00.054 | 17 |
| 8 | 7 | Kimi Räikkönen | Lotus-Renault E21 | 1:32.946 | +0:00.893 | +0:00.077 | 25 |
| 9 | 1 | Sebastian Vettel | Red Bull-Renault RB9 | 1:33.036 | +0:00.983 | +0:00.090 | 8 |
| 10 | 11 | Nico Hülkenberg | Sauber-Ferrari C32 | 1:33.076 | +0:01.023 | +0:00.040 | 12 |
| 11 | 6 | Sergio Pérez | McLaren-Mercedes MP4-28 | 1:33.158 | +0:01.105 | +0:00.082 | 15 |
| 12 | 18 | Jean-Eric Vergne | Toro Rosso-Ferrari STR8 | 1:33.260 | +0:01.207 | +0:00.102 | 15 |
| 13 | 19 | Daniel Ricciardo | Toro Rosso-Ferrari STR8 | 1:33.490 | +0:01.437 | +0:00.230 | 16 |
| 14 | 16 | Pastor Maldonado | Williams-Renault FW35 | 1:33.638 | +0:01.585 | +0:00.148 | 17 |
| 15 | 14 | Paul di Resta | Force India-Mercedes VJM06 | 1:33.660 | +0:01.607 | +0:00.022 | 19 |
| 16 | 12 | Esteban Gutiérrez | Sauber-Ferrari C32 | 1:33.732 | +0:01.679 | +0:00.072 | 15 |
| 17 | 17 | Valtteri Bottas | Williams-Renault FW35 | 1:33.955 | +0:01.902 | +0:00.223 | 18 |
| 18 | 15 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes VJM06 | 1:34.773 | +0:02.720 | +0:00.818 | 8 |
| 19 | 21 | Giedo van der Garde | Caterham-Renault CT03 | 1:35.473 | +0:03.420 | +0:00.700 | 20 |
| 20 | 20 | Charles Pic | Caterham-Renault CT03 | 1:35.518 | +0:03.465 | +0:00.045 | 18 |
| 21 | 23 | Jules Bianchi | Marussia-Cosworth MR02 | 1:35.844 | +0:03.791 | +0:00.326 | 16 |
| 107% hranice | 1:51.465 | nesplnil | |||||
| 22 | 22 | Max Chilton | Marussia-Cosworth MR02 | 1:39.378 | +0:07.325 | +0:03.534 | 20 |
