K týmu přišel v září 2016 z Dukly jako nástupce po Dušanu Uhrinovi mladším. Slavia pod ním překonala historický rekord ligy, když nenašla přemožitele ve 36 utkáních za sebou, a po osmi letech získala titul. Ve druhé sezoně, posíleni o hvězdné hráče (Danny, Altintop, Stoch, Necid) však na podzim vyhráli jen devět ze 16 utkání a na vedoucí Plzeň mají ztrátu 14 bodů. Podívejte se, co všechno Šilhavý v Edenu prožil.
Šilhavý trenérem Slavie

5. září 2016
Slavii nevyšel vstup do ligové sezony (bilance 1 - 2 - 1) a po porážce v Plzni byl odvolán trenér Dušan Uhrin mladší. Ve hře na uvolněné místo v Edenu byli například Luboš Kozel, Zdeněk Zeman nebo Radoslav Látal, ale červenobílí nakonec přetáhli z Dukly Jaroslava Šilhavého. O titulu se v té době vůbec nemluvilo. Šilhavý v premiéře remizoval v Teplicích 2:2, už ve třetím zápase v lize dovedl Slavii k snové výhře 2:0 na Letné nad Spartou, po tomto duelu skončil kouč Sparty Zdeněk Ščasný.
Slavia mistrem

27. května 2017
Šilhavému se povedlo dát tým dohromady a Slavia v 26 ligových zápasech pod jeho vedením v uplynulé sezoně ani jednou neprohrála. Výsledkem byl titul, který červenobílí stvrdili v azylu na Strahově v posledním kole proti Brnu (4:0). Ačkoliv hru Slavie ovlivňovala ke konci soutěže nervozita s rostoucí šancí na titul, potřebné body dokázala nasbírat a předčít Plzeň. Šilhavý působil jako klidná síla a nebál se těžkých rozhodnutí, například posadil drahou posilu Gina van Kessela.
Příchod Dannyho a spol.

27. června 2017
Měsíc po zisku titulu potvrdila Slavia velké zbrojení. Oznámila příchod tří zkušených hráčů ze zahraničí se zajímavým životopisem - Dannyho, Halila Altintopa a Ruslana Rotaně. „Opravdu jsem nevěřil, že by se mohli ve Slaviiobjevit. A navíc všichni tři, což považuji za zázrak,“ zářil Šilhavý. Jejich hlavní přínos měl spočívat v tom, že pomohou červenobílým do Ligy mistrů. Slávistický trenér se dostával do nové situace, kádr mu nabobtnal do rozměrů, na které nebyl zvyklý.
Vyřazení z Ligy mistrů

23. srpna 2017
Slavisté moc toužili po Lize mistrů, ale nakonec si velký sen nesplnili. V 3. předkole milionářské soutěže sice přešli přes BATE Borisov, ale pak vypadli s APOELem Nikósie, soupeřem, přes kterého se určitě dalo postoupit. Náplastí byla Evropská liga. Ačkoliv vedení klubu nevyhlásilo Ligu mistrů jako jasný cíl, zklamání v Edenu zavládlo a pozici Šilhavého nevylepšilo, spíš mu přitížilo. Už tady se projevilo, že slovutné zahraniční posily nebudou mít přínos takový, jaký se čekalo.
Porážka v Plzni

5. listopadu 2017
Byla to pro Slavii možná poslední šance, jak rozdmýchat naději na obhajobu titulu. Jenže velký šlágr v Plzni nezvládla, prohrála 0:1 a její ztráta na lídra ze západu Čech se vyšplhala na čtrnáct bodů. Už předtím ztráceli červenobílí body především v zápasech venku, doma proti Liberci pak po prohře 1:2 přišli o rekordní sérii neporazitelnosti, která se v součtu s předešlou sezonou vyšplhala na 36 utkání. Důvěra Šilhavého napříč podzimem klesala.
Konec v Evropské lize
7. prosince 2017
Slavia nezvládla poslední zápas v základní skupině Evropské ligy, prohrála s Astanou 0:1 a na postup do vyřazovací fáze nedosáhla. Šilhavý o své pozici nečekaně otevřeně promluvil už den před zápasem. „Takhle ta práce nejde. Buď trenérský tým má, nebo nemá důvěru. Takové spekulace pořád dokola asi nemají smysl a nikomu to nepomáhá,“ řekl kouč s tím, že špatným signálem je, že informace vycházejí z klubu. Vyřazením si nepomohl, jeho setrvání u týmu se bude řešit příští týden.